以下の方法で、3DSからCFWを完全に削除することができます。
CFWを削除すると自作ソフトは起動できなくなるので、本体設定から手動で削除する必要があります。
購入したゲームは問題なく起動できます。

GodMode9を使って3DSとNDSのゲームカートリッジをダンプ(バックアップ)することができます。