Checkpointとは主に3DSのセーブデータをバックアップ、リストアするための自作アプリです。
JKSMよりもこちらの方が分かりやすくておすすめです。

自作ソフト「JKSM」のインストールと使い方の手順です。
これを使うと3DSソフトのセーブデータをパッケージ版でもバックアップ、復元することができます。